Theo Đề án tổ chức chính quyền đô thị[68][69][70][71][72][73][74][75], dự kiến triển khai thực hiện từ năm 2020 (nếu được Quốc hội Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam chấp thuận); tổ chức hành chính tại Thành phố Hồ Chí Minh cấu trúc lại theo mô hình hai cấp:

• Cấp trung tâm là Thành phố Hồ Chí Minh trực thuộc trung ương (có tổng diện tích 2.095,6 km2). Thành phố có Hội đồng Nhân dân và Ủy ban Nhân dân, người đứng đầu Ủy ban Nhân dân là vị Chủ tịch Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh do Hội đồng Nhân dân bầu chọn và được Thủ tướng Chính phủ Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam phê chuẩn.
  • Cấp trung tâm trực tiếp quản lý mười ba quận (có tổng diện tích 137,15 km2): 1, 3, 4, 5, 6, 8, 10, 11, Phú Nhuận, Bình Thạnh, Tân Bình, Tân Phú và Gò Vấp. Quận không phải là cấp chính quyền, mà chỉ là đại diện hành chính. Mỗi quận có Ủy ban Hành chính do vị Chủ tịch Uỷ ban Hành chính Quận (hoặc Quận trưởng) đứng đầu, tất cả đều do Chủ tịch Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh bổ nhiệm.
    • Mười ba quận chia thành 190 phường, Tương tự như quận, phường không phải là cấp chính quyền, mà chỉ là đại diện hành chính. Mỗi phường có Ủy ban Hành chính do vị Chủ tịch Phường (hoặc Phường trưởng) đứng đầu, tất cả đều do Chủ tịch Ủy ban Hành chính quận (hoặc Quận trưởng) bổ nhiệm.
• Cấp cơ sở gồm:
  • Bốn thành phố trực thuộc Uỷ ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh (có tổng diện tích 652,99 km2), tạm gọi là: Đông, Tây, Nam, Bắc
  • Mỗi thành phố có Hội đồng Nhân dân và Ủy ban Nhân dân, người đứng đầu Ủy ban Nhân dân là vị Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố (hoặc Thị trưởng), do Hội đồng Nhân dân bầu chọn và được Chủ tịch Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh phê chuẩn. Địa giới của bốn thành phố trực thuộc như sau:
    • Thành phố Đông gồm ba quận: 2, 9 và Thủ Đức hiện nay; có diện tích 211,72 km2;
    • Thành phố Tây gồm quận Bình Tân, một phần phường 16 và một phần phường 7 của quận 8, toàn bộ bốn xã: An Phú Tây, Tân Kiên, Vĩnh Lôc A và Vĩnh Lộc B của huyện Bình Chánh hiện nay; có diện tích 109,80 km2;
    • Thành phố Nam gồm quận 7, huyện Nhà Bè, một phần phường 7 của quận 8, toàn bộ hai xã: Bình Hưng và Phong Phú của huyện Bình Chánh hiện nay; có diện tích 169,29 km2;
    • Thành phố Bắc gồm quận 12 và huyện Hóc Môn hiện nay; có diện tích 162,18 km2.
      • Bốn thành phố trực thuộc chia thành 94 phường, Tương tự như phường thuộc mười ba quận, các phường này không phải là cấp chính quyền, mà chỉ là đại diện hành chính. Mỗi phường có Ủy ban Hành chính do vị Chủ tịch Phường (hoặc Phường trưởng) đứng đầu, tất cả đều do Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố (hoặc Thị trưởng) cấp trên bổ nhiệm.
  • Các thị trấn và xã (có tổng diện tích 1.304,87 km2) do cấp trung tâm trực tiếp quản lý, thông qua ba Cơ quan đại diện Hành chính tại ba huyện: Bình Chánh, Cần Giờ và Củ Chi. Ba huyện này không phải là cấp chính quyền, mà chỉ là "cánh tay nối dài" của cấp trung tâm. Cụ thể ba huyện được cấp trung tâm ủy nhiệm quản lý các đơn vị hành chính sau: 03 thị trấn (Cần Thạnh, Tân Túc, Củ Chi) và 35 xã (Bình Chánh, Bình Lợi, Đa Phước, Hưng Long, Phạm Văn Hai, Quy Đức, Lê Minh Xuân, Tân Nhựt, Tân Quý Tây, Long Hòa, Thạnh An, An Thới Đông, Bình Khánh, Lý Nhơn, Tam Thôn Hiệp, Tân An Hội, Tân Thông Hội, Phước Hiệp, Thái Mỹ, Trung Lập Thượng, Trung Lập Hạ, Phước Thạnh, Phước Vĩnh An, Tân Phú Trung, An Nhơn Tây, Bình Mỹ, Nhuận Đức, Phú Hòa Đông, Phú Mỹ Hưng, Hòa Phú, Tân Thạnh Đông, Tân Thạnh Tây, Trung An, Phạm Văn Cội, An Phú). Mỗi đơn vị hành chính này có Hội đồng Nhân dân và Ủy ban Nhân dân, người đứng đầu Ủy ban Nhân dân là vị Chủ tịch Ủy ban Nhân dân (đối với thị trấn có thể gọi là Thị trưởng), do Hội đồng Nhân dân bầu chọn và được Chủ tịch Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh phê chuẩn[76][77][78][79][80][81][82][83].